Da Villa, all’origine borgata di Gavardo. La zona fu abitata sin da epoche remotissime, come dimostra la stazione preistorica del Monte Covolo in cui furono trovati reparti del Neolitico superiore (3.000), assieme ad altri rinvenuti a livelli medi ed alti della stratificazione:

ceramiche, punte di freccia ovalari e cordiformi risalenti a 2.500 anni prima di Cristo. Testimonianze galliche e romane vennero alla luce in zona Campagna, al "Bus del Bò", in Monte Magno (tomba romana): tutto il materiale si può ammirare al Museo del Gruppo Grotte Gavardo. L’antica strada gallica, poi romana, attraversava il Chiese a Tormini sul Ponte Pier.
I più lontani insediamenti furono probabilmente sul Monte Covolo e continuarono per secoli, come attestano i resti della più antica Chiesa ancora visibili sul versante che degrada verso il Garda: si tratterebbe di S. Zenone, forse di epoca longobarda, o di poco successiva; lo si ricava dalle caratteristiche dei ruderi attribuibili al primo romanico. Altro nucleo assai remoto, quello di Valverde.
Il primo documento sull’esistenza di Villanuova risale al 1253: nel libro dei possidenti di Gavardo, che dovevano rendere ragione al Vescovo di Brescia, compare tale Garoella di Villanuova. In un documento dell’11 aprile 1496, attestante lascito di un prato, è ricordata la chiesa di S. Agata "hora chiamata S. Matteo". Giustamente il Cocca osserva: "sorprende il fatto che per un prato situato nel territorio di Villanuova, con due contraenti pure di Villanuova, la stesura dell’atto di compra vendita sia avvenuta a Prandaglio. Questo può portarci a pensare che Prandaglio fosse a quel tempo più importante di Villanuova".
La borgata fu capellania della pieve di Gavardo e, dagli inizi del XV secolo, aspirò al riconoscimento di parrocchia. Nel citato documento del 1496 è accertata l’esistenza della chiesetta di S. Mattesche in precedenza si chiamava S. Agata; pertanto si può ritenere che tale costruzione fosse sorta molto tempo prima.

Fu S. Carlo Borromeo, il 12 novembre 1580 (ritenendo giuste le richieste della delegazione di Villanovesi che si erano recati a presentare la supplica nel convento di S. Domenico in Brescia, dove aveva la residenza come visitatore apostolico), a decretare la costituzione di una nuova parrocchia ponendola sotto la protezione di S. Matteo apostolo. L’abitato contava allora 450 anime circa.
Fra gli eventi di quel secolo, drammatica l’invasione dei lanzichenecchi durante la guerra tra Carlo V e la Francia (1521-1559); comandati da Giorgio Fronsberg e diretti a Roma scesero dal Tirolo in diciottomila, più quattromila avventurieri e tremila donne al seguito, come racconta il Nassino, che nel 1527 era Vicario della Quadra di Gavardo. Passato il Chiese "assaltarono il Monte Magno"- scrive il Nassino- e scesero a Gavardo " al desdotto de novembre il qual dì era lo giorno de lunedì de sera". Non trascurarono di razziare le abitazioni incontrate sulla propria strada, quelle di Villanuova e Prandaglio.
Da oltre un secolo la borgata era entrata a far parte della Quadra di Gavardo con l’avvento della Repubblica veneta (1426). Proprio un rettore della Serenissima, il da Lezze,nel 1610, lasciò una descrizione, oggi documento importante: " Villanuova terra picciola parte in monte e parte in piano (…) de fuoghi n. 50. Anime 500 de quali utili 100 (…). Una fusina del Commun dove si fabbricano chiodi, alcune altre fusinette de particolari, dove fanno altri chiodi et si mantengono in quell’esercizio molte persone della terra. Nobili bresciani non hanno beni, ma Mons. Ill.mo Vescovo di Brescia in quel territorio ha due grosse possessioni. Contadini principali: li Bonifici, li Tiboni, li Comini, li Costi. Chiesa di S. Matteo officiata da un prete con entrada de 50 scudi in patronato del Comune. Non vi è disordine nella terra, ma le persone muoiono quietamente".
Nel 1630 la peste dimezzò la popolazione. Nella sua breve nota, il parroco del tempo, don Gio. Batta Faustini, scrisse che il primo a morir di peste fu Gio.Maria Turi detto il Longo e in due anni morirono 200 tra "Huomeni et done". All’inizio del Settecento, un’altra calamità: la presenza degli eserciti stranieri in guerra per la successione al trono di Soagna. Nel 1705, Eugenio di Savoia, al comando dei soldati tedeschi imperiali, pose il campo a Gavardo. Le popolazioni dei paesi vicini furono obbligateai rifornimenti, e non poche furono le violenze compiute, soprattutto dai francesi che si scontrarono con i soldati imperiali.
Seguirono anni di pace in cui fiorì l’economia. Nell’ Estimo Mercantile del 1750 risultarono funzionanti a Villanuova due fucine, ambedue di Gio.Battista Usmarini di Gavardo di cui una esercitata da Baldassar Aderenti e un mulino della comunità. Nel 1771 era attivo il setificio di Carlo e Fratelli Lolli, dotato di 40 fornelli; "le filaresse"lavoravano con attenzione, producendo una seta perfetta per "finezza".
Sulla fine del secolo il paese subì le conseguenze dello scontro tra l’armata napoleonica e gli austriaci. Nella battaglia del 29 luglio 1796 i francesi ebbero la peggio e prima di ritirarsi a Salò fecero saltare la passerella sul Chiese; Villanuova, abbandonata, fu saccheggiata dagli austriaci che sfondarono anche il campo trincerato di Bostone.

Tramontato l’astro di Napoleone e passato il territorio sotto il dominio austriaco(1814), si ebbero alcuni anni di grande impegno per la comunità. Il paese, che nel 1805 era stato aggregato a Gavardo con decreto di Napoleone I, tornò nuovamente autonomo nel 1816.
La vicenda risorgimentale vide la partecipazione dei Villanovesi, come attesta la motivazione della medaglia commemorativa assegnata alla Municipalità di Brescia "a perenne ricordo che alcuni terrazzani di Villanuova S/C presero parte attiva alla gloriosa insurrezione bresciana delle giornate del 1849, le X giornate.